計算數學與控制系成立于2017年，現有數學與應用數學本科專業、應用數學與技術碩士專業和數學與力學博士研究方向。 數學與應用數學專業結合莫斯科大學的優勢資源，在人才培養方面突出數學與計算機科學交叉特色，培養學生成為具有國際視野的復合型專業人才。 系主任由俄羅斯科學院通訊院士、莫斯科大學伊利英·亞歷山大·弗拉基米羅維奇教授擔任，院系專任教師共55人，主要來自莫斯科大學計算數學與控制系。其中俄羅斯科學院院士2人、洪堡學者與中國國家級人才稱號1人、教授10人，副教授20人。 2022年，數學系學生年獲國際獎項數21項，國家級獎項數2項，累計發表學術論文9篇，其中SCI論文4篇，EI會議論文5篇。
材料科學系成立于2017年，現有材料科學與工程本科專業、基礎材料學碩士專業和化學、物理學2個博士研究方向。 材料科學系基于莫斯科大學化學、物理與材料力學等優勢基礎學科建立，專業課程均由莫斯科國立大學選派的俄方教師授課，強調知識與能力并重，培養學生解決材料領域科學問題或復雜工程問題的能力。 系主任由加爾舍夫·阿列克謝·維克托羅維奇副教授擔任，教師團隊包括3名俄羅斯科學院院士，中國國家級人才稱號1人，具有博士學位的專任教師67人。 本科生發表論文11篇，申請軟件著作權2項，學生參加各類競賽獲獎16項，教師獲國防技術發明二等獎1項。
工程系成立于2020年，現有電子與計算機工程、智能感知工程2個本科專業（均為單學籍）。 工程系的兩個本科專業以中、英文為主要教學語言，強調課程實踐，引導學生提高工程項目執行力，支持鼓勵技術創業。優秀學生將有機會赴北京理工大學交流學習1-2個學期，享受高水平教師的學習環境和優質服務。 師資隊伍由海內外高水平大學引進人才組成，首席科學家由中國科學院、中國工程院院士王越教授擔任，現有專職教師35人，其中國家杰出青年科學基金獲得者1名、國家級人才稱號1名、教授12名、副教授8人。 目前工程系已有41名學生在國內外各類學科競賽（其中包括全國大學生數學建模競賽、大學生算法設計大賽、美國數學建模競賽、藍橋杯等）中獲得56項獎項。
經濟系始建于2016年，現有經濟學（雙學籍）、國際經濟與貿易（單學籍）、金融科技（單學籍）3個本科專業、國際經濟與商業碩士專業和經濟學博士研究方向。 經濟系依托莫斯科大學和北京理工大學相關學科優勢，以“融匯中西，共向未來”為發展愿景，旨在為中俄戰略合作和 “一帶一路”倡議培養人才，重點培養學生的專業勝任力、領導力、分析能力和跨文化能力。 師資隊伍主要由莫斯科大學、北京理工大學選派和全球招聘三部分教師組成，現有專職教師65人，其中教授11人、副教授41人，全部擁有博士學位。 學生累計在國際學術交流會議、國際競賽中獲獎12項、國家級學科競賽中獲獎15項，省級競賽獲獎22項。
語言系成立于2016年，現有俄語本科專業，對外俄語教學、俄語語言文化2個碩士專業，俄語語言學和俄羅斯文學2個博士研究方向。 依托莫斯科大學相關學科優勢，語言系享有純正、獨特的俄語教學資源，秉持“沉浸式”教學方法，緊緊圍繞學生能力培養，提供高水平的俄語教學，旨在培養言語技能熟練、適應性強、綜合素質高，滿足多領域交流需求的專門人才。 俄語專業教師中現有教授13人、副教授11人，其中波隆斯基·瓦季姆弗拉基米羅維奇教授為俄羅斯科學院通訊院士、高爾基世界文學研究所所長。 2022年語言系博士研究生累計在《莫斯科大學學報》《科學院通報》等核心刊物發表文章18篇。系內學生在全國高校俄語大賽、“永旺杯”第十五屆多語種全國口譯大賽等各層次多類別競賽中斬獲佳績。
生物系成立于2017年，現有生物科學本科專業（單學籍、雙學籍均有），納米生物技術、地球生態變遷與人工干預系統、現代基礎和高級生物學3個碩士專業，生物科學、數學和力學2個博士研究方向。 生物系聚焦結構和合成生物學、全球變化生態學和人工生態系統、植物生物學和生物技術、海洋生態等前沿科技產業的基礎科學，著力培養學生掌握學科基本理論和基礎知識，開展基礎與應用研究的科學思維和科學實驗訓練。 生物系由俄羅斯科學院生物學部主任，莫斯科大學生物系主任，米哈伊爾·彼得洛維奇·基爾皮奇尼科夫院士直接策劃領導。目前教師隊伍中有俄羅斯科學院院士5人，教授9人、副教授16人，87%具有博士學位。 目前學生已發表學術論文5篇，其中博士生發表3篇，碩士生1篇，本科生1篇。
化學系成立于2022年，現有化學本科專業、無機化學碩士專業。 培養方案具備莫斯科大學化學系所有重點優勢，學校設置有教學科研實驗室，配備現代化教學設備，旨在培養學生畢業后能夠獨立地開展科研創新工作，成為具有高水平理論基礎和科研能力的專業人才。 本科專業和研究生專業大部分課程將由莫斯科大學教師授課，現有副教授1人。
地理系成立于2017年，現有城市生態學與區域規劃1個碩士專業。 地理系聚焦自然地理學、城市生態學、區域規劃理論與實踐、地理信息技術等研究方向，揭示城市經濟時空運營規律和區域國土資源狀況，研究自然環境各個組成部分與城市化地區發展之間的關系和變化規律，為合理開發利用國土資源、實現城市理性增長和城市的數字化管理提供理論基礎。 地理系由俄羅斯科學院院士、莫斯科大學地理系主任多布羅柳波夫· 謝爾蓋· 阿納托利耶維奇院士直接策劃領導，目前教師隊伍中有俄羅斯科學院院士2位，教授7人，副教授9人，96%具有博士學位。 目前學生已獲得 BRITISH ECLOGY DESIGN AWARD 1項，第三屆香港當代設計獎1項，入圍2023年地理信息技術與應用技能大賽決賽1人。
俄語中心2017年成立，承擔著全校本科生和研究生的俄語教學任務，開展俄語教學法和教學實踐研究，以及文化教育等方面的工作。 自成立以來，構建了基于沉浸式教學法和職業導向元素相結合的零起點俄語教學體系，包括教學內容、教學模式、個性化輔導、俄語課外興趣小組、俄羅斯茶活動、莫斯科冬、夏令營等多個方面，形成了獨特的深北莫俄語教學風格。 中心的師資力量雄厚?，F有俄語教師36名，其中莫斯科大學教師29人，中國俄語教師7人。另有教學管理人員4人。 2018年俄語中心教師斯·維·基爾扎諾娃榮獲廣東省“南粵優秀教師”榮譽稱號；俄語中心獲評“2018年深圳市教育工作先進單位”；2019年俄語中心申報的“基于沉浸式教學法和職業導向元素相結合的零起點俄語教學的探索與實踐”獲得廣東省教育教學成果獎二等獎。
2019年設立 現有專門為俄語國家留學生開設的漢語言本科專業（單學籍、雙學籍均有）。 積極探索“中文+商務”的復合型人才培養模式，以中文教學為基礎，以文化潤育為特色，以能力培養為核心，力求打造獨具深北莫特色的中文專業。 中心下設教育部中外語言交流合作中心授權的中文考試考點。 漢語中心師資配備精良，專業課教師100%具有博士學位或高級職稱，均來自國內外頂尖大學，具有豐富的國際中文教學經驗。 留學生已在教育部留服中心舉辦的來華留學生征文大賽、“漢語橋”全球外國人漢語大會等大型賽事中連續多年獲獎。
英語中心負責全校本科生、研究生的公共英語、專門用途學術英語和第二外語教學。依托學校工、理、管、文、生物各學科的資源優勢，將強化學科交叉融合，致力于培養具有國際視野的高素質復合型外語人才，提升其國際教育和研究形象，以滿足各學科發展的前沿需求，為學校高質量發展做出貢獻。
2021年10月正式成立 藝術中心肩負著傳承發展中國和俄羅斯傳統藝術的重要使命。藝術中心課程方向主要包括美術類、器樂類、舞蹈類、聲樂類四大類。 中心宗旨：向中國介紹、傳播俄羅斯及歐洲優秀的傳統藝術和文化，自設立以來，藝術中心在課程體系建設和師資隊伍建設方面取得了豐碩的成果，并提出了切實可行的發展計劃。
馬克思主義學院成立于2022年，由學生工作部馬克思主義理論教研室基礎上建設發展而來，負責學校思政課教學。 學院現已形成了一支由校黨委書記直接領導，專兼結合，專職為主、輔導員、德育教師、心理教師、體育教師等全員參與的大思政教師隊伍?，F有專任教師8人，其中教授5 人，高級講師1人，講師2人，教輔人員1人。 學院以習近平新時代中國特色社會主義思想為根本指南，以立德樹人為根本任務，承擔全校的思政課教學、人才培養、教學科學研究、文化傳承和社會服務的職責。肩負深化新時代中俄人文交流合作，增進兩國人民友誼，促進中俄世代友好的歷史使命，以全面實施“時代新人鑄魂工程”為牽引，著力構建“大思政課”育人格局，努力培養擔當民族復興大任的時代新人，有力支撐服務“一帶一路”建設、中俄新時代全面戰略協作伙伴關系、粵港澳大灣區和深圳社會主義先行示范區建設。
2020年設立，是深圳市人文社會科學重點研究基地之一。 團隊負責人為俄羅斯憲法起草人、功勛法學家謝爾蓋·米哈伊洛維奇·沙赫賴；深圳北理莫斯科大學黨委書記、副校長朱迪儉。中俄法學比較研究中心現有5人，均為博士學歷，其中4人有高級職稱，現有團隊人員涵蓋法律、政治、經濟、金融、審計等專業領域。 中心致力于針對中俄法學的理論問題和現實問題開展高水平研究，為“一帶一路”、新時代中俄全面戰略協作、粵港澳大灣區和深圳社會主義先行示范區建設培養高素質法學人才，提供智力支撐。
深圳北理莫斯科大學人工智能研究院以未來人工智能的原創性基礎理論為目標，充分發揮新一代人工智能在產業升級中的引領作用，依托深圳地區的產業優勢和政策優勢，最終突破一批關鍵技術和原創性成果。研究院著力打造具有深北莫特色和影響力的科學研究和人才培養新高地，積極推進大跨度學科交叉融合，大范圍技術與產業融合，探索新型研究機構校企融合機制。
為貫徹大運深港國際科學城三年行動計劃的重要布局，響應“一帶一路”倡議，建設粵港澳大灣區國際科技創新中心，深圳北理莫斯科大學立足黨和國家發展戰略全局，把握世界大勢和時代潮流，成立前沿學科交叉研究院，旨在深入實施創新驅動發展戰略，完善國家創新體系，加快建設科技強國，加快實現高水平科技自立自強，加快構建新發展格局，著力推動高質量發展，共建一帶一路取得豐碩成果。
物理數學系依托莫斯科大學物理系與數學力學系于2023年成立。物理數學系的主要目標是培養高素質基礎物理學和數學領域的專業人才。本系設數理基礎科學本科專業，2024年首次招生。本系的教師隊伍將由50余名莫斯科大學的教師組成，其中包括20名教授。教師們都符合莫斯科大學的高標準，在科學和教育方面具有卓越的表現。莫斯科大學數學力學系有6位菲爾茨獎獲得者。在所有國際大學排名中，莫斯科大學的物理學和數學專業位列俄羅斯第一，根據2024年QS世界大學排名，莫斯科國立大學在物理學排名中位列全球第33位，在數學排名中位列全球第38位。
莫斯科大學是世界知名學府，其在社會科學與管理領域排名俄羅斯第一，在2023年QS世界學科排名中位居第60名。莫斯科大學國家管理系是俄羅斯國家、企業、非商業機構管理專業人才培養的領軍機構，由著名政治家，俄羅斯國家杜馬教育與科學委員會主席，“俄羅斯世界”基金會董事會主席，維亞切斯拉夫·阿列克謝維奇·尼科諾夫博士任系主任,共有130名專任教師，均為莫斯科大學各院系、其他高等院校和科研機構畢業的博士，國家機關及各行業領域企業和組織的專家，平均年齡52歲。其中有25名教授，70名副教授。國家管理系30年來共培養了5678名本碩畢業生。學生畢業去向包括：政府機關部委、商業機構，包括各種銀行、國企私企、非政府組織和社會性團體等。在學科建設方面，莫斯科大學管理學學科具備本碩博全層次教育，北京理工大學管理科學與工程學科是具有博士后流動站的一級學科，學校依托莫大國家管理系、北理工管理與經濟學院優勢，由兩校的專業責任教授共同制定專業培養方案。
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