在科學研究方面，馬克思主義學院依托地域優勢和研究隊伍的前期基礎，形成“港澳青年國家認同研究”“深圳改革開放口述史研究”等重點研究方向和學術生長點，力爭以一系列高水平研究成果支撐粵港澳大灣區和深圳社會主義先行示范區建設。團隊現已取得科研成績包括：
科研項目：
郭正林：《新時代深港融合發展研究》深圳市哲學社會科學規劃2022年度重點項目，2022年8月20日；
郭正林：《1949-1978年港澳青年的國家認同研究》，廣東省社科規劃2022年度黨史特別委托項目，2022年12月；
袁曉江：《“闖”和“創”成就了深圳——特區精神與特區成功經驗研究》，深圳北理莫斯科大學思想政治教育課題，2023年7月。
科研論文：
袁曉江：《讓親歷者講改革開放》，《深圳特區報》，2023-10-31；
郭正林：《深港共建海洋濕地國家公園的意見和建議》，《紫荊論壇》，2022年11-12月號第65-69頁；
郭正林：《“加快推動深港協同創新發展——以福田為基點”》，《紫荊論壇》，《紫荊論壇》2022年7-8月號第56-60頁；
郭正林等：《準確把握“融入國家發展大局”的含義》，《紫荊》，2022-08-19；
郭正林等：《深港協同發展亟需五大突破》，《紫荊》，2022-07-26。
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學院未來還將繼續圍繞深港融合發展、“一帶一路”國家和城市治理、改革開放歷史、毛澤東調查研究方法等研究方向，對標學校發展特色，加快中華人民共和國國史國外檔案文獻研究等項目的推進，加強學科建設研究，形成系列標志性成果。
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