學校以高精尖為教育發展方向，開展本科、碩士和博士層次的學歷教育以及非學歷教育。學校遠期辦學規模為5000人，本科生與研究生比例為1:1。學校從2017年起招收本科生、碩士研究生，從2018年起招收博士研究生。

學校采用中文、俄語、英語三種語言進行教學，國內本科招生錄取打破一考定終身的傳統招生制度，采用基于高考的“631綜合評價”模式。考生被錄取后，將在莫斯科大學和深圳北理莫斯科大學同步注冊，同時獲得兩校學籍。

本科生教育按照國家規定和辦學協議頒發深圳北理莫斯科大學學歷學位證書和莫斯科大學畢業證書（含學位）。研究生教育實施莫斯科大學培養方案，頒發莫斯科大學碩士學位和博士學位證書。